بدنبال تأسیس دانشکده علوم پزشکی کاشان در سال 1365 و پذیرش دانشجو در رشته‌های پزشکی، پرستاری و مامایی با کسب مجوز از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در سال 1371، این دانشکده در رشته‌های کاردانی هوشبری، علوم آزمایشگاهی و اتاق عمل اقدام به پذیرش دانشجو نمود. از سال بعد رشته کاردانی رادیولوژی نیز به جمـــع رشته‌های مزبور پیوست و عملاً هسته اولیه دانشکده پیراپزشکی دانشگاه علوم پزشکی کاشان تحت عنوان اداره آموزش پیراپزشکـی در آن سال شکل گرفت.

از سال 1372 در رشته بهداشت محیط نیز دانشجوی کاردانی پذیرفته گردید و بدنبال آن پذیرش دانشجو در رشته کارشناسی ناپیوسته بهداشت عمومی آغاز گردید که عهده‌دار اداره این رشته ها نیز آموزش پیراپزشکی بود از سال تحصیلی 76/75 با تفکیک رشته‌‎های بهداشت، آموزشکده پیراپزشکی تاسیس گردید و بدنبال آن و در همان سال مجوز پذیرش دانشجو در رشته کاردانی مدارک پزشکی نیز اخذ شد و از سال تحصیلی 77/76 در رشته کارشناسی ناپیوسته علوم آزمایشگاهی نیز پذیرش دانشجو آغاز شد که با اخذ این مجوز آموزشکده به دانشکده پیراپزشکی تغییر نام یافت و از سال 1379 رشته کارشناسی مدارک پزشکی نیز به جمع رشته‌های موجود دانشکده پیوست. با پیگیری و تلاش مسئولین دانشکده و اعضای هیئت علمی گروه آموزشی هوشبری رشته فوریت های پزشکی از سال 1385 به جمع رشته‌های دانشگاه افزوده شد که دانشکده پیراپزشکی کاشان از نیمسال اول 87-86 به مدت یک دوره آموزشی کاردانی (4 نیمسال) به تربیت دانشجو در این رشته پرداخت و از آن به بعد مسئولیت پذیرش و تربیت دانشجو در رشته فوریت های پزشکی به دانشکده پرستاری مامایی واگذار شد.

لازم به ذکر است با استعانت از خداوند متعال و تلاشهای بی شائبه مسئولین، اعضای هیئت علمی، دانشجویان و کارکنان دانشکده پیراپزشکی کاشان، این دانشکده در سال 1384 موفق به کسب رتبه دوم دربین دانشکده‌های پیراپزشکی دانشگاههای علوم پزشکی کشور گردید.

با توجه به تبدیل مقاطع کاردانی رشته‌های رادیولوژی، علوم آزمایشگاهی و هوشبری به کارشناسی پیوسته این رشته ها، دانشکده پیراپزشکی دانشگاه علوم پزشکی کاشان نیز از نیمسال اول سال تحصیلی 88-87 پذیرش دانشجو در رشته های فوق الذکر را در مقطع کارشناسی پیوسته آغاز نمود و به دنبال تبدیل مقطع کاردانی مدارک پزشکی به کارشناسی فن‌آوری اطلاعات سلامت، دانشکده پیراپزشکی دانشگاه علوم پزشکی کاشان از نیمسال دوم سال تحصیلی 89-88 مجوز پذیرش دانشجو در این رشته را کسب نمود.

همچنین گروه آموزشی مدارک پزشکی دانشکده پیراپزشکی کاشان موفق به کسب مجوز پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد فناوری اطلاعات سلامت از نیمسال اول سال تحصیلی 89-88 گردید. و از نیمسال اول سالتحصیلی 91-90 بر اساس مصوبه چهل و سومین جلسه شورای عالی برنامه ریزی علوم پزشکی مورخ 18/5/89 برنامه آموزشی بازنگری شده مقطع کارشناسی ارشد ناپیوسته رشته مدارک پزشکی با عنوان جدید فن آوری اطلاعات سلامت ابلاغ و اجرا گردید که بر همین اساس از این نیمسال تحصیلی نام این گروه آموزشی به مدیریت فناوری اطلاعات سلامت تغییر نام یافت و موظف به تربیت دانشجوی کارشناسی ارشد فن آوری اطلاعات سلامت گردید.

همچنین با مجوز شماره 2707 شورای عالی برنامه ریزی علوم پزشکی این دانشکده اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد فیزیک پزشکی نمود و بر همین اساس از این سال تحصیلی گروه رادیولوژی به فیزیک پزشکی-رادیولوژی تغییر نام یافت.

با عنایت به مصوبه شماره 956 شورای عالی برنامه ریزی علوم پزشکی گروه مدیریت و فناوری اطلاعات سلامت دانشکده اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع دکترای مدیریت اطلاعات سلامت نمود.

گروه مدیریت و فناوری اطلاعات سلامت دانشکده پیراپزشکی موفق به کسب مجوز راه اندازی مرکز تحقیقات در سال 1393 گردیده است.